Данная ошибка может появляться в разных случаях, у меня появилась после не удачной установки, т.к. в /boot не хватило место и пакет не доставился. Поискав в интернете dependency problems prevent configuration of linux-server:, нашел вариант установить старый пакет или новый вручную.
В моем случаи установка нового пакета решила проблему, который был скачан и уже лежал в /var/cache/apt/archive.