Устанавливаем пакет apache2-mpm-itk
В настройках виртуального хоста прописываем следущие параметры
<IfModule mpm_itk_module>
AssignUserId USER GROUP
</IfModule>
Применяем права на файлы и папки.
chown USER:GROUP /SITE -R
Перегружаем апач.