Потребовалось изменить размер qcow2 диска. Конвертируем диск в vmdk средствами qemu. Средствами vbox конвертируем в vdi, после меняем размер диска. Загружаемся через Gparted live cd изменяем размер диска, и конвертируем образ в qcow2 обратно.

Разделил этапы работу:
1. qemu-img convert -f qcow2 -O vmdk /home/guests/stalker.qcow2 /home/guests/stalker.vmdk
2. VBoxManage.exe clonehd stalker.vmdk stalker.vdi --format vdi
3. VBoxManage.exe modifyhd E:\stalker.vdi --resize 16000
4. VBoxManage.exe clonehd stalker.vdi stalker.vmdk --format vmdk
5. Загружаемся с gparted-live-0.27.0-1-i686.iso и изменяем размер диска.
6. qemu-img convert -f vmdk -O qcow2 /home/guests/stalker.vmdk /home/guests/stalker.qcow2
Выглядит сложно, но другие варианты выдовали ошибки.