В Notepad++ можно сделать следующим образом ctrl + h, поставит параметр расширенный и внести в поиске одну строку, а в заменить три разделенные \n

Для последовательного запуска из папки скриптов или программ, можно воспользоваться вот такой конструкцией

for %i in (*.cmd) do start /wait %i