Сегодня появилось обновление wordpress до 4.1, при попытки обновить меня появляется сообщение с запросом для ввода данных для подключения к ФТП. Меня это смутило, т.к. плагины обновляются на ура. Решение простое временно открыть доступ на корневую директорию с сайтов
chown www-data.www-data /var/www/site_name
Потом я рекомендую поставить root.root