Простенький пример, как добавить пользователя.
useradd -g primary_grp -G admin -s /bin/shell -d /home/user

netstat -pna | grep 22

Где 22 нужный порт.

Параметр open_basedir создан для обеспечения безопасности, ограничивая доступ к открытию файлов указанием директории, выше которой этого сделать нельзя.

php_admin_value open_basedir "/var/www/site_name"

Устанавливаем пакет  apache2-mpm-itk

В настройках виртуального хоста прописываем следущие параметры
<IfModule mpm_itk_module>
AssignUserId USER GROUP
</IfModule>

Применяем права на файлы и папки.
chown USER:GROUP /SITE -R

Перегружаем апач.

Простой командой

pdbedit -L